V posledním období prošel rozsáhlými změnami i poskytovatel služeb vyžadovaných v rámci Operační přípravy státního území, tedy civilní zdravotnictví. Z hlediska možné organizace zdravotnické pomoci v období ohrožení státu je pravděpodobně nejdůležitější změnou způsob řízení zdravotnických zařízení. Před rokem 1989 byla všechna lůžková zdravotnická zařízení řízena centrálně, v roce 2006 již stát řídil zdravotnická zařízení jen s 30 % lůžkového fondu, 39 % zdravotnických zařízení bylo ve správě krajských a městských samospráv a 31 % ve vlastnictví fyzických osob, církve a jiné právnických subjektů. Současně došlo k výrazným změnám ve struktuře lůžkového fondu. Počet nemocničních lůžek se mezi léty 1992 a 2006 snížil o 25 %, na cca 64.000. Celkový počet zdravotnických lůžek se však snížil pouze o 3 % a to díky více než trojnásobnému nárůstu počtu lůžek lázeňské péče. Zásadní změnou bylo rovněž zavedení všeobecného zdravotního pojištění a vznik zdravotních pojišťoven, které dnes řídí financování zdravotnických zařízení.

Z pohledu krizového plánování je jednoznačně pozitivním trendem zvyšování kapacit a odborných schopností v přednemocniční urgentní péči. Stejně tak pozitivně lze hodnotit celkový nárůst počtu lékařů pracujících v nemocnicích, který dosáhl mezi léty 1992 a 2006 téměř 100 procent. Jako potenciálně nebezpečný se však z tohoto pohledu jeví proces úzké specializace, a to jak v přípravě zdravotnických pracovníků, tak při výstavbě specializovaných pracovišť. Snaha o efektivní budování a využívaní pracovišť urgentní péče, diktovaná ekonomickými možnostmi, neposkytuje možnost vytváření rezerv potřebných pro krizové situace. Vzniká tak nepoměr mezi schopnostmi zdravotnické záchranné služby a omezenými možnostmi příjmu závažně poraněných či zasažených do nemocniční péče.

Až po teroristických útocích v Madridu (březen 2004) a v Londýně (červen 2005) byl v rámci aktualizace Národního plánu boje proti terorismu (schválena usnesením vlády č. 1466 ze dne 16. 11. 2005) uložen Ministerstvu zdravotnictví úkol zpracovat Koncepci krizové připravenosti zdravotnictví v České republice. Koncepce byla schválena Usnesením Bezpečnostní rady státu č. 9 ze dne 3. dubna 2007.

Cílem koncepce je navození stavu, kdy stát bude schopen dostát své povinnosti vůči občanům státu, zajistit záchranu života a zabránit těžké ujmě na zdraví všem zdravotně postiženým při různých typech krizových situací. Ať již v důsledku přírodní nebo epidemiologické katastrofy, rozsáhlé průmyslové havárie, teroristického útoku nebo v době válečného ohrožení republiky. Zdravotnická zařízení i samotní občané musí vědět a být připraveni na poskytování omezeného rozsahu péče za účelem zachování dostupnosti neodkladné péče pro postižené.