Organizace zdravotnictví v době válečného stavu vychází z několika základních dokumentů. Jedná se zejména o Koncepci krizové připravenosti Ministerstva zdravotnictví České republiky ze dne 28. března 2007 schválené Bezpečnostní radou státu ze dne 3. dubna 2007 č. 9. V ní je zdůrazněna nezbytnost připravenosti rezortu zdravotnictví k zachování schopnosti dodávat služby odborné péče o zdraví v situaci vojenského ohrožení. Tento stupeň je však spojen se zavedením zvláštního ekonomického režimu válečného hospodářství spojeného s přiměřeným omezením rozsahu poskytované péče za účelem zachování dostupnosti péče nezbytné – neodkladné. Pro tuto úroveň připravenosti je typické zachování dostupnosti sníženého rozsahu péče po blíže nespecifikovatelnou dobu.

Nástrojem koordinace je obranné plánování, vázané na zákon č. 222/1999 Sb. o zajišťování obrany a na operační přípravu státního území. Na základě provedeného výkladu je pak pro potřebu definování rámcového cíle strategie zdravotně bezpečnostní politiky použito společného znaku, kterým je jednoznačnost vazby mezi správním úřadem a dodavatelem zdravotní péče. Správní úřady jsou v souvislosti se zajišťováním úkolu bezpečnostní politiky v postavení orgánu krizového řízení a jako takové nesou odpovědnost za stav krizové připravenosti bezpečnostního systému v plném rozsahu svých působností.

Správní úřad ale není bezprostředním dodavatelem a garantem kvality poskytované zdravotní péče. Tím jsou především zdravotničtí pracovníci a zdravotnická zařízení v těsné součinnosti se subjekty poskytujícími odbornou přípravu a věcné potřeby.

Souhrnně je tedy za cíl strategie označen takový stav krizové připravenosti, kdy je systém orgánů veřejné správy, poskytovatelů léčebně preventivní péče, orgánů a zařízení ochrany veřejného zdraví včetně dodavatelů léčiv a zdravotnických prostředků schopen za mimořádných situací odborné způsobilými pracovníky zajistit zdravotní péči obyvatelstvu v rozsahu přiměřeném reálné situaci a na základě schválených postupů, a to při vnitřní i vnější operabilitě systému.

Na bázi zformulované strategie promítnuté do závěru provedené SWOT (Strengths Weaknessesn Opportunities Threats) analýzy schopností současného systému zdravotnictví účinně reagovat na následky mimořádných událostí s řádově stovkami a tisíci osob postižených na zdraví je pak následně v další části materiálu předkládáno výsledné shrnutí nezbytných koncepčních opatření.