Pohled Vojenské zdravotnické služby na otázky Operační přípravy státního území se významně změnil po roce 1989. Přijetí obranné doktríny České republiky (Dlouhodobá vize resortu Ministerstva obrany, Doktrína Armády České republiky, Vojenská strategie České republiky), jejíž základní tezí se stala obrana v rámci vlastního státního území, vedlo k vytvoření koncepce kombinovaného polního a teritoriálního systému zdravotnického zabezpečení vojsk.

Na základě dohody mezi Ministerstvem obrany a Ministerstvem zdravotnictví byl definován celkový počet lůžek (cca 30.000), která by měla být za branné pohotovosti státu vyčleněna ve prospěch armády tak, aby nebylo narušeno zdravotnické zabezpečení civilního obyvatelstva. Výhoda civilních zdravotnických zařízení spočívala v tom, že se jednalo o nemocnice s trvalou pohotovostí, vyškoleným personálem a nepřetržitou činností, plošně rozmístěné po teritoriu státu. Jejich nevýhodou byla nízká průchozí kapacita a menší třídící a odsunové možnosti. Snaha eliminovat tyto nevýhody byla, vedle stále velkého počtu mobilizovaných vojáků, důvodem pro udržení poměrně velkého počtu polních zdravotnických útvarů a zařízení. Potřebný počet lůžek vycházející z předpokládaného odhadu zdravotnických ztrát vznikajících při vedení bojové činnosti byl doplňován polními zdravotnickými zařízeními, jejichž kapacita byla v letech 1991 až 1995 postupně redukována ze 76.650 na 27.800 lůžek.

V období přípravy vstupu České republiky do NATO (North Atlantic Treaty Organisation) (12. 3. 1999) a přípravy úplné profesionalizace Armády České republiky (31. 12. 2004) byla otázka Operační přípravy státního území v oblasti zdravotnického zabezpečení vojsk potlačena zcela do pozadí, přestože Vojenská strategie České republiky (přijata usnesením vlády č. 438 ze dne 29. 4. 2002) definuje obranu vlastního teritoria, včetně opatření mobilizace, zahrnující rovněž Operační přípravy státního území, za jeden z pilířů, na kterém je založena vojenská obrana České republiky. Hlavní úsilí je zaměřeno na výstavbu profesionálních nasaditelných zdravotnických sil a prostředků.

Při přehodnocení potřeb Armády České republiky na počet lůžek vyčleňovaných v rámci Operační přípravy státního území se ukázalo, že Vojenská zdravotnická služba od resortu zdravotnictví již nadále nepožaduje vyčleňovat lůžkovou kapacitu.  Důvodem je skutečnost, že Armáda České republiky již není odpovědná za zdravotnické zabezpečení obyvatelstva ani za situace válečného ohrožení státu a již dávno zrušila prvky řízení zdravotnického zabezpečení teritoria.

Období počátku 21. století je charakterizováno stavem, který je označován jako minimalizace rizika vzniku globálního konfliktu nebo mezi evropskými státy. Role ozbrojených sil při zajišťování bezpečnosti státu se posouvá od teritoriálního působení k nasazení mimo území státu. V této bezpečnostní situaci je proto nejméně pravděpodobnou variantou použití sil a prostředků Armády České republiky podle článku 5 Washingtonské smlouvy, na ochranu vlastního nebo spojeneckého státního území, zejména s potřebou předchozí mobilizace.

Současně však dramaticky narůstá komplex nevojenských hrozeb a této skutečnosti musí přizpůsobit své plány na řešení krizových situací i Ministerstvo zdravotnictví České republiky. Nelze totiž vyloučit, že teroristický útok může mít ve svém rozsahu obdobný dopad na civilní obyvatelstvo jako následek bojové operace. Zkušenosti ukazují [1], že je nezbytné kalkulovat s možností, že útok teroristů proběhne na několika místech současně nebo se bude v krátkých intervalech opakovat.