Jak již bylo zdůrazněno, je obtížné zabránit zneužití B-agens. Proto je třeba předpokládat hromadný výskyt chorob, které vypuknou po jejich použití. Biologické napadení se podobá epidemii přirozeného původu. K významným opatřením patří protiepidemická opatření, péče o nemocné, dobře fungující diagnostika, používání antibiotik a imunoterapie. K předcházení nemocem může být nezbytné očkování, pasivní imunizace nebo profylaktická aplikace antibiotik.

Prvá fáze protiepidemických opatření spočívá na praktických opatřeních spíše než na přímé léčbě. Účinným opatřením v případě podezření na útok B-agens je izolace zasažených osob. Izolace může zabránit přenosu infekce kapénkami nebo kontaktem. V případě infekce prostřednictvím vody a potravin není izolace jednoznačně nejlepším krokem. Za těchto situací je nezbytné podstatně zvýšit hygienické standardy a ostražitost při jakémkoliv nakládání s potravinami a důkladně převařovat veškerou vodu. Důležité je urychleně lokalizovat zdroj nákazy a učinit jej neškodným.

Pro další účinná medicínská opatření je nezbytná správná a včasná diagnóza. Krátce po vypuknutí nemoci je určena předběžná diagnóza na základě symptomů a vyšetření včetně jednoduchých laboratorních testů. K přesnému stanovení příčiny nemoci musí být od pacientů odebrány vzorky na analýzu k stanovení kauzativní látky, tj. bakterie, viru (a často i houby).

Z pohledu přípravy na účinné zásahy zdravotnických služeb na situace po biologickém napadení nebo krizové situace při vypuknutí epidemií je nutné mít jasné prostory s vhodným zázemím pro ně i ošetřující personál, do kterých budou nemocní umístěni, ale také k dispozici ostatečné zásoby antibiotik, antivirotik a jiných kauzálních léčiv.

Vlastní lékařská péče po napadení B-agens a při rozsáhlých epidemiích je komplikována především velkým množstvím osob, vyžadujících lékařskou péči. Za těchto podmínek je nutná co nejrychlejší diagnostika. V případě bakteriálních infekcí zahrnuje adekvátní terapie použití antibiotik, u virových infekcí je přímých protiopatření daleko méně. V řadě případů je nutná izolace.

Epidemie může snadno vyvolat paniku, takže je třeba počítat s pozitivní úlohou informací ze strany příslušných orgánů státní správy, samosprávy a medií, která by měla navazovat na výchovné a vzdělávací úsilí preventivního charakteru, jak je zmíněno shora a ne mezi obyvatelstvem šířit paniku.